Pomimo całego szeregu zalet, o jakich rozpisują się użytkownicy Linuksa, system ten z racji nie tak dużej popularności jak Windows, posiada wady. Niewątpliwą wadą Linuksa jest jego skomplikowanie. Niedoświadczonym w obsłudze komputerów nie zaleca się Linuksa ze względu na jego skomplikowanie i trudną obsługę. Bezpośrednio z tym wiąże się jego instalacja, która jest niezwykle trudna i zajmuje dużo czasu. Linux może sprawiać także problemy przy konfiguracji. Cała dokumentacja z tego zakresu jest w języku angielskim, dlatego bez znajomości szczegółowego aparatu pojęciowego nie poradzimy sobie ze zmianami systemu. Wadą jest także niedobór driverów. Chodzi o to, że ciężko znaleźć sterowniki do sprzętów ukierunkowanych na Windows. Na Linuksie nie ma takich możliwości rozrywkowych jak na Windowsie oraz brak zaawansowanego oprogramowania do grafiki, przez co trudniej jest projektować chociażby kasetony warszawa. Stopniowo ulega to zmianie, aczkolwiek nadal jest niewiele gier dających się obsługiwać w systemie Linux.